Dani Pedrosa encabeçou a primeira linha da grelha dominada pela Repsol Honda dando continuidade ao seu domínio no pelotão de MotoGP.
O espanhol qualificou-se para o Shell Advance Grande Prémio de Motociclismo da Malásia à frente de Stoner em Dovizioso em segundo e terceiro, respectivamente.Após a queda na quinta volta, Dani Pedrosa, que falhou o GP da Malásia do ano passado enquanto recuperava de fractura na clavícula contraída na semana anterior em Motegi, recuperou para voltar ao topo da tabela de tempos e levar a melhor sobre os dois companheiros de equipa na luta pela pole ao assinar um tempo de 2m01,462s.
A marca de Pedrosa ficou dois décimos abaixo do registo impressionante que apresentou em FP2, mas o espanhol terminou com uma margem de 0,029s sobre Casey Stoner, negando ao novo Campeão do Mundo a 12ª pole da temporada. Andrea Dovizioso terminou a mais 0,175s de distância para reclamar a última posição da primeira linha, a sétima da época de 2011 do italiano.
Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3) intrometeu-se no meio das Honda ao rodar em 2m02,010s para ocupar a liderança da segunda linha. O americano terminou com uma margem de 0,095s sobre Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini Team), quinto e com pouco mais de um décimo de segundo de vantagem sobre o melhor homem da Ducati, Nicky Hayden.
Hiroshi Aoyama lidera a terceira linha, com Álvaro Bautista, da Rizla Suzuki, ao lado do nipónico e com Valentino Rossi (Ducati Team) a completar a linha depois de queda durante a sessão. O italiano não demorou a voltar à pista para apresentar uma marca de 2m02,295s na última das 22 voltas que efectuou.
Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech 3) entrou na lista dos dez primeiros pela primeira vez no fim-de-semana, enquanto Héctor Barberá (Mapfre Aspar), ainda em recuperação e depois de ligeiro toque de carenagem com Hayden durante a qualificação, completou 17 voltas para garantir o 14º posto da grelha.
Um já dorido Ben Spies (Yamaha Factory Racing), ainda a recuperar da queda sofrida na Austrália, sofreu novo acidente depois de ter terminado FP3 mais cedo após a primeira queda do dia. O texano terminou a sessão em 16º.
