Dani Pedrosa assinou a terceira vitória da época numa corrida cheia de emoções no Twin Ring Motegi com Jorge Lorenzo em segundo e Casey Stoner em terceiro.
Pedrosa cruzou a meta em primeiro no que foi um Grande Prémio do Japão repleto de drama onde apenas os dois primeiros do Top 7 não fizeram incursões por fora de pista, nem sofreram penalizações de passagem pela via de boxes. O GP começou com o homem da pole, Stoner, a disparar para a primeira curva à frente do pelotão, enquanto o companheiro de equipa Dovizioso fez falsa partida desde a primeira linha, o mesmo se passando metros atrás com Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini Team) e Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech 3).
Valentino Rossi, da Ducati Team, caiu e desistiu na primeira volta, colidindo com Ben Spies, da Yamaha Factory Racing, e forçando o americano a incursão por fora da pista. Enquanto isso, Stoner parecia no caminho certo para mais um triunfo, liderando de forma confortável até que também ele fez uma passagem pela escapatória na quinta volta. Pouco depois foi a vez de Héctor Barberá (Mapfre Aspar) ir ao chão, enquanto Nicky Hayden (Ducati Team) ia além dos limites da pista depois de ter rodado na quarta posição.
Lorenzo teve de recuperar algum terreno e progrediu ao longo do pelotão para terminar em segundo, enquanto Stoner ascendeu a terceiro. Simoncelli e Dovizioso cumpriram as suas penalizações e depois deram início a grande batalha para terminarem em quarto, com o piloto da San Carlo Honda Gresini a levar a melhor sobre Dovi, que foi quinto.
Seguiram-se três americanos, com Spies em sexto, à frente de Hayden e de Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3). Hiroshi Aoyama (San Carlo Honda Gresini) evitou o drama e terminou em nono, o mesmo se passando com Randy de Puniet (Pramac Racing), mas com este a fechar a lista dos dez primeiros. Crutchlow foi 11º apesar de incursão por fora da pista a que se juntou uma penalização de passagem pela via de boxes.
Kousuke Akiyoshi (LCR Honda) foi 12º, com o companheiro de equipa Toni Elías a ficar a zeros na sequência de queda depois de ter chegado a ser sexto. Shinishi Ito (Honda Racing Team) foi o último a terminar a corrida, em 13º, enquanto Damian Cudlin, que rodou no lugar do lesionado Capirossi na Pramac Racing, foi ao tapete quase no fim da corrida e Álvaro Bautista (Rizla Suzuki) caiu quando rodava em quarto.
Karel Abraham (Cardion AB Motoracing) decidiu não alinhar na corrida. O checo ainda se está a ressentir da contusão contraída na primeira volta de Aragón.
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