Dani Pedrosa, Repsol Honda Team, Estoril RAC
O terceiro foi Casey Stoner (Repsol Honda). Pedrosa, recentemente sujeito a uma intervenção cirúrgica a um ombro, fez toda a corrida como que a estudar o seu adversário, Jorge Lorenzo, que liderava a prova desde a primeira curva. Lorenzo resistiu-lhe até três voltas do final, mas no final da resta da meta o piloto da Repsol Honda travou mais tarde e passou para a frente do Campeão do Mundo em título, iniciando depois uma sucessão de voltas mais rápidas, garantindo o triunfo com mais de três segundo sobre o seu adversário. A vitória de Pedrosa, interrompe também a série vitoriosa de três triunfos, conseguida por Lourenço, nas últimas três edições do bwin Grande Prémio de Portugal.
Stoner realizou uma corrida solitária no terceiro lugar, mas cortou a meta tranquilamente, com sete segundos de vantagem sobre o duo Doviziozo e Rossi, que acabou por se colocar por esta ordem, nas posições seguintes. Para além da luta pela vitória, todos os olhos se voltaram igualmente para a batalha entre Valentino Rossi (Ducati Team) e Andrea Dovizioso., com o piloto da Repsol Honda a rodar sempre muito perto de Rossi, para o ultrapassar em definitivo na última volta e quase sobre a meta, com uma margem de 0.025s. Rossi teve o seu pior resultado no Estoril esta época, pois em 11 participações tinha até agora como pior marca, um quatro lugar final.
Foi um bom dia para as Monster Yamaha Tech 3, com Colin Edwards a chegar na sexta posição, á frente de Cal Crutchlow. O estreante britânico, envolveu-se numa disputa com o japonês Hiroshi Aoyama (San Carlo Honda Gresini), mas este não o conseguiu bater, colocando-se ainda assim á frente do campeão de Supersport, Crutchlow, que mesmo assim cumpriu o seu principal objectivo que era recolher o máximo de pontos nesta sua primeira época de MotoGP.
Nicky Hayden (Ducati Team) foi o nono colocado, depois de uma luta interessante com Ben Spies e a última posição entre os dez primeiros, foi para o francês Randy de Puniet (Pramac Racing) que provou ter recuperado bem da sua recente operação a uma perna. Toni Elías (LCR Honda) que venceu no Estoril em 2011, foi 11º depois de luta animada com Loris Capirossi (Pramac Racing).
Bautista conseguiu acabar em 13º, na sua primeira corrida da temporada, reclamando seis pontos no final, apenas seis semanas depois de ter partido uma perna.
Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini Team) que partiu da primeira linha, teve de novo um acidente e ficou na primeira volta do bwin Grande Prémio de Portugal.
Ben Spies (Yamaha Factory Racing) fez algumas “excursões” pela gravilha e desta feita teve uma saída mais grave, que o impediu de continuar em prova, pois não conseguiu recolocar a moto a trabalhar.
Héctor Barberá (Mapfre Aspar Team) que tinha marcado pontos nas últimas duas corridas, também teve uma saída de pista e bateu forte logo na volta de abertura. Karel Abraham (Cardion ab Motoracing) que tinha conseguido uma boa qualificação á frente da Ducati de Hayden, também não conseguiu terminar a prova portuguesa.
