Apesar de não ter chovido, a corrida foi declarada como Molhada no início, com muitos dos pilotos a optarem por pneus slicks dada a linha de trajectória estar a secar rapidamente. Zulfahmi Khairuddin (AirAsia-SIC-Ajo) foi quem partiu melhor, mas foi Efrén Vázquez (JHK T-Shirt Laglisse), com pneus de chuva, quem saltou para a liderança na pista ainda molhada. Contudo, a 18 voltas do final era perseguido por Jonas Folger (Mapfre Aspar Team Moto3), que tinha subido a segundo.
Numa emocionante corrida de Moto3™ no bwin Grande Prémio da República Checa, em Brno, foi Jonas Folger, da Mapfre Aspat Team Moto3, quem levou a melhor enquanto a pista ia secando para vencer à frente de Luis Salom e Sandro Cortese
Duas voltas mais tarde Folger, com slicks, passou para a liderança, tirando partido das dificuldades que Vázquez sentia com a pista a secar. Atrás dos dois o substituto local na Mahindra Racing, Miroslav Popov, Jakub Kornfeil (Redox-Ongetta-Centro Seta) e John McPhee (Racing Steps Foundation KRP) levavam a cabo animada luta pelo pódio. A 13 voltas do final Kornfeil passou Vázquez para segundo com Popov a passar o espanhol uma volta depois.
A meio da corrida Khairuddin e McPhee passaram Vázquez, enquanto o grupo perseguidor, que continha Sandro Cortese (Red Bull KTM Ajo), aproximava-se a grande ritmo. Enquanto isso, Toni Finsterbusch (MZ Racing) desistiu com problemas mecânicos. A nove voltas do final Khairuddin era terceiro, mas não tardava a ser ultrapassado por Cortese e Alex Rins (Estrella Galicia 0,0). Por esta altura Folger contava com 12 segundos de vantagem, enquanto Cortese ascendia a terceiro e ia atrás de Kornfeil.
Michael Ruben Rinaldi (Caretta Technology) teve de desistir a seis voltas do fim, enquanto Maverick Viñales (Blusens Avintia) tinha chegado a quarto. Khairuddin acabou por desistir por queda a quatro voltas do final, enquanto Popov foi ao chão na recta da meta. As últimas voltas apresentaram a típica batalha entre Cortese e Viñales pela última posição do pódio, com Kornfeil a lutar para se defender da dupla. À entrada para a última volta Luis Salom (RW Racing GP), que os perseguia, colocou-se atrás de Salom, com Viñales e Kornfeil atrás.
No final foi Folger quem cruzou a meta em primeiro para assinar a segunda vitória da carreira de GPs, batendo Salom, que superou Cortese nas últimas curvas. Cortese conta agora com 32 pontos de vantagem sobre Viñales no Campeonato depois o espanhol ter terminado em quarto. Atrás dele ficaram Rins, Kornfeil, o companheiro de equipa de Cortese, Danny Kent, Romano Fenate (Team Italia FMI), o companheiro de equipa de Rins, Miguel Oliveira e o companheiro de equipa de Fenati, Alessandro Tonucci.
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